Similitud genética del viroide de la mancha de sol del aguacate en Michoacán, México

Abstract

La mancha de sol causada por el Avocado sunblotch viroid (ASBVd) fue detectada durante el 2009 en Tingambato, Michoacán, México. Se ha sugerido que síntomas como el variegado y el blanqueado así como plantas asintomáticas son producto de variaciones en la secuencia de nucleótidos del genoma del viroide. Los objetivos del presente trabajo fueron: Determinar si los síntomas de variegado, blanqueado, clorosis, frutos con grietas amarillas, frutos con grietas necróticas, deformaciones, ramas con franjas amarillo blanquecino, brotes blanquizcos y de árboles asintomáticos observados en huertas comerciales de aguacate ubicadas en Tacámbaro y Tingambato, Michoacán, son debidos a variaciones en la secuencia de nucleótidos del ASBVd. Conocer la presencia o ausencia del ASBVd en los bancos de germoplasma de INIFAP de Celaya, Guanajuato, CICTAMEX de Coatepec de Harinas, Estado de México, y en huertas de materiales mexicanos de Cañada de Yáñez municipio de Santa María del Río, San Luis Potosí y silvestres de Tochimilco, Puebla. Se colectaron muestras de tejido vegetal en los diferentes sitios, se realizo extracción de RNA, se utilizaron las técnicas de la rt-PCR, secuenciación de productos y en algunos casos SSCP y clonación. La SSCP mostró pequeñas diferencias en el patrón electroforético de algunos aislamientos; al comparar las secuencias en el GenBank/NCBI se observó una similitud superior al 90% entre ellas y con las reportadas en el GenBank/NCBI. Secuencias consenso de tres aislamientos clonados, se alinearon con secuencias reportadas en el GenBank/NCBI como variantes del ASBVd con el programa Mega 4.0. Las secuencias clonadas y alineadas fueron similares, pero no permitieron identificar variantes del ASBVd en las muestras analizadas. Los resultados de la rt-PCR, indicaron que el ASBVd está presente en los bancos de germoplasma de INIFAP de Celaya, Guanajuato, CICTAMEX de Coatepec de Harinas, Méx., en Cañada de Yáñez, S. L. P. y Tochimilco, Puebla. _______________ ABSTRACT: The sunblotch caused by Avocado sunblotch viroid (ASBVd) was detected in 2009 in Tingambato, Michoacan, Mexico. It has been suggested that symptoms such as variegated and bleaching as well as asymptomatic plants are caused by variations in the nucleotide sequence of the viroid genome. The objectives of this study were to: Determine if symptoms of variegated, bleaching, chlorosis, fruits with yellow cracks, fruits with necrotic cracks, deformation, branches whitish yellow stripes, whitish outbreaks and asymptomatic trees observed in commercial avocado orchards located in Tacambaro and Tingambato, Michoacán, are due to variations in the nucleotide sequence of ASBVd. To detect the presence or absence of ASBVd in germplasm banks at INIFAP in Celaya, Guanajuato, CICTAMEX in Coatepec de Harinas, State of Mexico and orchards of Mexican materials Cañada de Yañez municipality of Santa Maria del Rio, San Luis Potosi and wild at Tochimilco, Puebla. Plant tissue samples were collected at different sites, RNA extraction was performed, using techniques of rt-PCR, sequencing of products and in some cases, SSCP and cloning. The SSCP showed small differences in the electrophoretic pattern of some isolates, by comparing the sequence in the GenBank / NCBI, there was a greater than 90% similarity among themselves and with those reported in the GenBank / NCBI. Consensus sequences of three cloned isolates were aligned with reported sequences in GenBank / NCBI as variants of ASBVd with the program Mega 4.0. Cloned and aligned sequences were similar, but not identified variants in samples ASBVd. The results of the rt-PCR indicated that the ASBVd is present in the germplasm banks of INIFAP in Celaya, Guanajuato, CICTAMEX in Coatepec de Harinas, Mex., in Cañada de Yanez, S. L. P. and Tochimilco, Puebla.