Análisis metagenómico de diversidad bacteriana en detritus de Atta mexicana

Abstract

Se secuenciaron masivamente siete de las nueve regiones hipervariables del gen 16S rRNA mediante la plataforma Ion PGM™ de Ion Torrent (Thermofisher Sci. Inc., USA) y se prepararon las bibliotecas mediante PCR en emulsión con microesferas con el sistema 16S™ Metagenómics (Thermofisher Sci. Inc., USA) para tres muestras de vertederos de detritus de Atta mexicana (H1, H2 y V1) y dos suelos control (SH y SV) de dos ecosistemas mexicanos diferentes. Los objetivos fueron identificar las especies bacterianas dependientes del ecosistema donde se recolectaron los vertederos, así como, las especies que siempre se encontraron en los vertederos sin importar el ecosistema de recolección. Se obtuvieron 2,622,158 lecturas útiles con longitud promedio de 208 pb, se obtuvieron 2,227 OTUs con un total de 53,350 lecturas, las curvas de rarefacción indicaron que la mayor cantidad de OTUs se obtuvieron en los vertederos H2, H1 y V1, mientras que los suelos control SH y SV generaron menor cantidad de OTUs por secuencia. Lo que indica mayor diversidad en los vertederos y se comprobó con el índice de Shannon ya que las cinco muestras fueron megadiversas, pero mediante el índice de Simpson se mostró que las cinco muestras estaban dominadas por un bajo número de especies representativas. Los vertederos guardaron mayor similitud entre ellos respecto a los suelos, lo que indicó que los vertederos ejercen un efecto positivo en la diversidad bacteriana y las especies encontradas en todos los vertederos independientemente de los ecosistemas fueron Weisella cibaria, Leifsonia aquatica, Pantoea cypripedii, Weisella confusa, Arthrobacter protophormiae, Bacillus sp., Streptomyces fradiae, Microbacterium sp., Salmonella entérica, Arthrobacter sp., Pantoea wallisii, Xylanimicrobium pachnodae. _______________ METAGENOMIC ANALYSIS OF BACTERIAL DIVERSITY IN REFUSE DUMPS OF Atta mexicana. ABSTRACT: Was massively sequenced seven of nine hipervariable regions of 16S rRNA gene through the platform Ion PGM™ of Ion Torrent (Thermofisher Sci. Inc., USA) and libraries was prepared through emulsion PCR with sphere particles using the 16S™ Metagenómics Kit (Thermofisher Sci. Inc., USA) to three samples of refuse dumps of Atta mexicana (H1, H2 y V1) and two of control soils (SH y SV) from two different mexican ecosystems. The aims was to identify the bacterial species which depend of the ecosystem where the refuse dumps was collected, as well as the species that always remained in refuse dumps independently of the ecosystems collected. There was obtained 2,622,158 usable reads with a mean lenght of 208 bp, was obtained 2,227 OTUs with 53,350 total reads. Rarefaction plots showed the highest amount of OTUs was obtained in refuse dumps H2, H1 y V1, while control soils SH y SV generated a low quantity of OTUs per sequence. That shows a highest diversity in refuse dumps and was probed through Shannon Index that all samples was megadiverse, but Simpson Index shows all five samples was dominated by a few representative species. The refuse dumps kept more similarity among theirselves that within the control soils, this showed that the refuse dumps performed a positive effect upon the bacterial diversity and the species found in all refuse dumps independently of the ecosystem was Weisella cibaria, Leifsonia aquatica, Pantoea cypripedii, Weisella confusa, Arthrobacter protophormiae, Bacillus sp., Streptomyces fradiae, Microbacterium sp., Salmonella entérica, Arthrobacter sp., Pantoea wallisii, Xylanimicrobium pachnodae.