Estandarización y validación de la técnica de PCR para el diagnóstico de Salmonella typhimurium en carne de cerdo, res y pollo

Abstract

El estudio tuvo como objetivo estandarizar y validar la técnica de Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) para la detección de Salmonella typhimurium (St) en carne de cerdo, res y pollo, optimizando el tiempo y la sensibilidad con relación al método microbiológico; además se realizó el diagnóstico en estos tipos de carnes para evaluar su calidad microbiológica en la Ciudad de Texcoco. Un total de 60 muestras de carne (20 de cerdo, 20 de res y 20 de pollo) de 250 g fueron recolectadas en puntos de venta de la Ciudad de Texcoco. Las muestras recolectadas procedían de carnicerías, tianguis y supermercados. Se evaluó la sensibilidad y especificidad de la PCR para detectar St; asimismo, se validó esta técnica en relación al método microbiológico con base al nivel de concordancia y finalmente se realizó un diagnóstico de la incidencia de St. El cálculo de sensibilidad y especificidad se realizó utilizando la tabla 2x2; el nivel de concordancia se estableció utilizando la prueba de McNemar y el índice Kappa, y el nivel de incidencia de St fue calculado con el uso de frecuencias y el porcentaje de muestras contaminadas. La concentración mínima de detección de DNA fue de 0.310 ng µL-1. El gen InvA y el gen fliC mostraron una sensibilidad y especificidad del 100% revelado en la PCR. Se obtuvo un nivel de concordancia entre la PCR y el método microbiológico del 88% para la carne en general. Un total de 10, 5 y 10% de carne de cerdo, res y pollo respectivamente, analizadas por PCR fueron positivas a St. Ninguna de las muestras de supermercado fue positiva a St. El método desarrollado en el presente estudio demostró ser rápido y específico para la detección de Salmonella typhimurium para los tipos de carnes analizadas. _______________ PCR STANDARDIZATION AND VALIDATION FOR Salmonella typhimurium DIAGNOSTIC IN PORK, BEEF AND CHICKEN MEAT. ABSTRACT: The aim of this study was to standardize and validate the Polymerase Chain Reaction (PCR) for Salmonella typhimurium (St) detection in pork, beef and chicken meat, optimizing time and sensitivity in relation to microbiological method; further diagnostic was performed in Texcoco City retail outlets, using these kinds of meats to evaluate its microbiological quality. A total of 60 meat samples (20 pork, 20 beef and 20 chicken) of 250 g were collected from retail outlets in Texcoco City. Meat samples were collected from butchers, street markets and supermarkets. The sensitivity and specificity of the PCR for St was evaluated; also, this technique was validated with respect to the microbiological method based on the concordance level and finally, diagnosed of St incidence was performed. Sensitivity and specificity was calculated using the 2x2 table; the level of concordance was established using the McNemar test and Kappa index, and the incidence of St on meats collected was calculated using frequency and percentage of samples contaminated. The minimum concentration of DNA detection was 0.310 ng µL-1. The InvA and the fliC genes showed 100% of sensitivity and specificity though to PCR, and 88% of concordance between PCR and microbiological method for the meats analyzed in general. Overall, 10, 5, and 10% of pork, beef and chicken meat respectively, tested with PCR were positive to St. Meats samples from supermarket resulted negative to St. Method developed in this study proved a rapid and specific tool for Salmonella typhimurium detection.