Perfil microbiológico de un andosol, en aguacate, con manejo orgánico, biodinámico y convencional

Abstract

La metagenómica ha revolucionado el estudio ecológico de microorganismos en todo tipo de ambientes, pero el suelo es uno de los más estudiados y de los más heterogéneos, sin embargo, la extracción de DNA en andosoles implica un reto por su composición minerológica y los complejos humus-aluminio. El objetivo de este trabajo fue analizar la diversidad bacteriana de un andosol de Michoacán con un enfoque metagenómico. El DNA se aisló por el método de fenol-cloroformo y un sistema comercial, este último mostró mayor eficiencia en la extracción, las bibliotecas se construyeron con el sistema 16S™ metagenomics y la secuención se realizó con un Ion PGM™Sequencing 400 con usó un Ion 316™ Chip V2. Se obtuvieron 215279 lecturas útiles con longitud media de 266 pb y se identificó 208189 lecturas. Las curvas de rarefacción estimaron un deficit de al menos 80 OTUs a nivel de especie y se consideró la muestra poco diversa con base en los índices de Simpson y Shannon, a pesar de haber obtenido 212 familias y 205 especies, pero el 98% de la diversidad bacteriana se distribuyó entre Acidobacterias y Alfaproteobacterias; las familias Mycobacteriaceae, Rhodospirillaceae, Nostocaceae y Pseudonocardiaceae dominaron con el 98.51% de abundancia relativa y las especies Skermanella aerolata y Skermanella stibiiresistens fueron las más comunes el 75.35%. Se concluyó que la composición de la muestra fue heterogénea, pero la baja diversidad se relacionó con la poca equidad en la estructura. La presencia de contaminantes como antimonio podría explicar la baja abundancia relativa de 199 especies, ya que es tóxico para la mayoría de microorganismos, pero no para Skermanella erolata y Skermanella stibiiresistens. Aunado a esto, la dominancia de las clases Acidobacterias y Alfaproteobacterias pudo atribuirse al manejo agrícola y las enmiendas orgánicas aplicadas en el suelo para la producción de aguacate. _______________ MICROBIOLOGICAL PROFILE OF AN ANDOSOL, IN AVOCADO, WITH ORGANIC, BIODYNAMIC AND CONVENTIONAL MANAGEMENT. ABSTRACT: The metagenomic has revolutionized the ecological study of the microorganism in all kind of environments, but the soil is one of the most studied and most heterogeneous, nevertheless, the DNA extraction in andosols involve a challenge because of their mineralogy and humic-aluminium composition. The aim of this work was to analyze the bacterial diversity of an andosol form Michoacan within a metagenomic approach. The DNA was isolated by the phenol-chloroform method and a commercial kit, this last one show higher efficiency in the extraction, The library was prepared with the 16S™ metagenomics kit and the sequencing was performed with an Ion PGM™Sequencing 400 and an Ion 316™ Chip V2. 215279 usables reads was obtained with 266 bp mean length and 208189 reads was identified. The rarefaction curves estimated a deficit of at least 80 OTUs specie-level, thus the sample was considered low diverse based on Simpson and Shannon index despite to having obtained 212 families and 205 species, but 98% of the diversity was distribuited until Acidobacterias and Alfaproteobacterias; the families Mycobacteriaceae, Rhodospirillaceae, Nostocaceae and Pseudonocardiaceae dominated with 98.51% of relative abundance and Skermanella aerolata and Skermanella stibiiresistens was the most common species with 75.35%. It was concluded that the composition of the simple was heterogeneous, but the low diversity was related with the low equity on the structure. The presence of contaminants as antimony could explain the low relative abundance of the 199 especies, because is toxic to the most microorganisms, but not for Skermanella erolata y Skermanella stibiiresistens. Moreover, the dominance of the class Acidobacterias y Alfaproteobacterias could be attribuited to the agricultural management and the organic amendments applied on the soil to the avocado culture.